Nakon zatvaranja MKSJ, suđenja za ratne zločine prepuštena su nacionalnim sudovima u Bosni i Hercegovini, Srbiji i Hrvatskoj, no stručnjaci smatraju kako je regionalna saradnja između pravosudnih organa tehnička i postoji samo na papiru, te da je "tužilačka aktivnost smanjena", a kao moguće rješenje navodi se potreba za većim angažmanom međunarodne zajednice